mRNA上3個相鄰的堿基決定1個氨基酸。每3個這樣的堿基叫做1個密碼子。

密碼子優化是通過基因工程技術，根據宿主的密碼子偏好性調整基因的同義密碼子，達到消除稀有密碼子的目的，并且優化如mRNA二級結構和Motif等相關參數，從而提高翻譯效率。當異源基因在宿主中無法有效表達時，可以考慮進行密碼子優化，調整同義密碼子和相關的調控元件，提高翻譯效率。通過這種方法提高異源基因翻譯效率的報道已經很多。如為了在人胚胎腎細胞（HEK293T）中提高重組豬白細胞介素-7（pIL-7）的表達，崔丹等依據人密碼子的偏好對pIL-7基因進行了優化修飾，結果顯示，密碼子優化后pIL-7基因在HEK293T細胞中的表比野生型pIL-7基因的表達水平提高了2倍多，可見密碼子優化可明顯提高重組pIL-7在HEK293T細胞中的表達[1]。

                                                  密碼子優化型IL-7基因表達水平與其野生型基因的比較[1]